U lidí může mít užívání antibiotik drastický vliv na mikrobiom, protože snižuje množství "dobrých" bakterií a zároveň snižuje množství bakterií patogenních (Maier et al. 2021). Tím se naruší rovnováha bakterií a sníží se produkce mastných kyselin s krátkým řetězcem (kyselina octová, propionová a máselná), které jsou považovány za měřítko zdraví střev (Tierney et al 2023). Dlouhodobé užívání antibiotik činí jedince náchylnějším ke střevním problémům, jako je zácpa/průjem (dysbióza) (Martel et al 2022; Nel Van Zyl et al 2022), a také k chronickým stavům, jako je IBS (syndrom dráždivého tračníku) (Mamieva et al 2022). Změny mikrobiomu zahrnují ztrátu bakteriální rozmanitosti a rozdíly v bakteriálním profilu, například užívání beta-laktamových, glykopeptidových a makrolidových antibiotik vede k úbytku prospěšných bakterií z rodů Bifidobacterium a Lactobacillus (Duan et al 2022). Může trvat dlouho, než se obnoví původní střevní flóra; tento proces se může pohybovat od dvou až tří týdnů do několika měsíců, zatímco občas dochází k trvalejší změně (Huang et al 2022).

Zdá se, že koně reagují podobně. Antibiotika hrají významnou roli v léčbě mnoha problémů koní a jsou životně důležitá jako léčebné prostředky u bakteriálních infekcí i jako prevence pooperačních a sekundárních infekcí (Khusro et al. 2021). Stejně jako u lidí má však jejich používání i stinné stránky. Bylo prokázáno, že sulfonamidy, kombinace trimethoprim/sulfonamid, peniciliny jako penicilin G a ampicilin, ceftiofur a enrofloxacin způsobují u koní gastrointestinální nežádoucí účinky, kdy se u léčených zvířat objevuje průjem, kolika nebo kolitida. Stejné účinky mají i některá antibiotika ze skupiny "mycinů" a tetracykliny (Khusro et al. 2021). Obě tyto třídy sloučenin mají široké spektrum a působí proti celé řadě infekcí, takže budou pravděpodobně široce používány. Takováto antibiotika, která zjevně ovlivňují funkci střeva, způsobují také změny ve střevním mikrobiomu. Tato dysbióza je často doprovázena zvýšením propustnosti střevní stěny, takže například užívání trimetoprim sulfadiazinu zvyšuje hladinu LPS (lipopolysacharidu) v krvi, což je biomarker děravého střeva (Collinet et al. 2022). Podobně fenylbutazon, který lze použít při zánětlivých onemocněních u koní, také způsobuje zvýšení střevní propustnosti a mění mikrobiom, přičemž dochází k úbytku bakterií z čeledi Lachnospiraceae (Whitfield-Cargile et al 2021). Stejně jako u lidí mohou být změny dlouhodobé.

Tyto poznatky vedly k vývoji léčebných postupů k obnově mikrobiomu. Bylo navrženo použití pre/probiotik, fágové terapie nebo antimikrobiálních peptidových polymerů (Gibson a Owen 2023) a zkoušela se i transplantace fekální mikrobioty (FMT). Protokoly pro FMT u koní však zatím nejsou dostatečně spolehlivé, aby bylo možné tuto metodu terapeuticky využít, takže zůstává teoretickou možností (Di Pietro a kol. 2023; Kinoshita a kol. 2022). Doplňky stravy, které modulují mikrobiom, by mohly být užitečné při obnově původní rovnováhy a léčbě dysbiózy koní vyvolané antibiotiky. Ve shodě s touto teorií byly preparáty ERME (Equinectar), které modulují střevní mikrobiom, úspěšné v malé pilotní studii, ačkoli je třeba vykonat ještě mnoho práce, než budou k dispozici jasné odpovědi na tento problém.