Nell'uomo, l'uso di antibiotici può avere un effetto drastico sul microbioma, in quanto riduce i livelli di batteri "buoni" insieme a quelli patogeni (Maier et al 2021). Ciò altera l'equilibrio batterico e riduce la produzione di acidi grassi a catena corta (acido acetico, propionico e butirrico), ritenuti un indicatore della salute dell'intestino (Tierney et al 2023). L'uso prolungato di antibiotici rende l'individuo più suscettibile a problemi intestinali come costipazione/diarrea (disbiosi) (Martel et al 2022; Nel Van Zyl et al 2022) e anche a condizioni croniche come la sindrome dell'intestino irritabile (Mamieva et al 2022). I cambiamenti nel microbioma includono una perdita di diversità batterica e differenze nel profilo batterico, ad esempio l'uso di antibiotici beta-lattamici, glicopeptidici e macrolidi porta a un impoverimento dei batteri benefici dei generi Bifidobacterium e Lactobacillus (Duan et al 2022). Può passare molto tempo prima che la flora intestinale originale venga ristabilita; questo processo può variare da due o tre settimane a diversi mesi, mentre occasionalmente si verifica un cambiamento più permanente (Huang et al 2022).

I cavalli sembrano rispondere in modo simile. Gli antibiotici svolgono un ruolo importante nel trattamento di molti problemi equini e sono di vitale importanza come agenti terapeutici per le infezioni batteriche e per la prevenzione delle infezioni post-operatorie e secondarie (Khusro et al 2021). Tuttavia, come per gli esseri umani, il loro uso presenta degli aspetti negativi. È stato dimostrato che i sulfamidici, le combinazioni trimetoprim/sulfamidici, le penicilline come la penicillina G e l'ampicillina, il ceftiofur e l'enrofloxacina causano effetti collaterali gastrointestinali nei cavalli, dove gli animali trattati sviluppano diarrea, coliche o coliti. Diversi antibiotici del gruppo delle "micine" e le tetracicline hanno gli stessi effetti (Khusro et al 2021). Entrambe queste classi di composti sono ad ampio spettro e agiscono contro una serie di infezioni, per cui è probabile che siano ampiamente utilizzate. Antibiotici come questi, che ovviamente influenzano la funzione dell'intestino, causano anche cambiamenti nel microbioma intestinale. Questa disbiosi è spesso accompagnata da un aumento della permeabilità della parete intestinale, per cui l'uso, ad esempio, di trimetoprim sulfadiazina aumenta i livelli ematici di LPS (lipopolisaccaride), un biomarcatore di perdita intestinale (Collinet et al 2022). Analogamente, anche il fenilbutazone, che può essere utilizzato per i disturbi infiammatori nei cavalli, causa un aumento della permeabilità intestinale e altera il microbioma, con una perdita di batteri della famiglia delle Lachnospiraceae (Whitfield-Cargile et al 2021). Come nell'uomo, i cambiamenti possono essere di lunga durata.

Questi risultati hanno portato allo sviluppo di trattamenti per ripristinare il microbioma. È stato suggerito l'uso di pre/probiotici, fagoterapia o polimeri peptidici antimicrobici (Gibson e Owen 2023) ed è stato provato il trapianto di microbiota fecale (FMT). Tuttavia, i protocolli per la FMT nei cavalli non sono ancora sufficientemente affidabili per un utilizzo terapeutico di questo metodo, che rimane quindi una possibilità teorica (Di Pietro et al 2023; Kinoshita et al 2022). Gli integratori che modulano il microbioma potrebbero essere utili per ripristinare l'equilibrio iniziale e trattare la disbiosi equina indotta dagli antibiotici. In accordo con questa teoria, le formulazioni di ERME (Equinectar), che modulano il microbioma intestinale, hanno avuto successo in un piccolo studio pilota, anche se occorre lavorare ancora molto prima di avere risposte chiare al problema.