En los seres humanos, el uso de antibióticos puede tener un efecto drástico en el microbioma, ya que reduce los niveles de bacterias "buenas" junto con las patógenas (Maier et al 2021). Esto altera el equilibrio bacteriano y reduce la producción de ácidos grasos de cadena corta (acético, propiónico y butírico), que se consideran un indicador de la salud intestinal (Tierney et al 2023). El uso prolongado de antibióticos hace que el individuo sea más susceptible a problemas intestinales como el estreñimiento/diarrea (disbiosis) (Martel et al 2022; Nel Van Zyl et al 2022) y también a afecciones crónicas como el SII (síndrome del intestino irritable) (Mamieva et al 2022). Los cambios en el microbioma incluyen una pérdida de diversidad bacteriana y diferencias en el perfil bacteriano; por ejemplo, el uso de antibióticos betalactámicos, glucopéptidos y macrólidos provoca el agotamiento de las bacterias beneficiosas de los géneros Bifidobacterium y Lactobacillus (Duan et al 2022). Puede pasar mucho tiempo antes de que se restablezca la flora intestinal original; este proceso puede variar entre dos o tres semanas y varios meses, mientras que en ocasiones se produce un cambio más permanente (Huang et al 2022).

Los caballos parecen responder de forma similar. Los antibióticos desempeñan un papel fundamental en el tratamiento de muchos problemas equinos y son de vital importancia como agentes terapéuticos para las infecciones bacterianas, así como para la prevención de infecciones postoperatorias y secundarias (Khusro et al 2021). Sin embargo, al igual que en los humanos, su uso tiene sus inconvenientes. Se ha demostrado que las sulfonamidas, las combinaciones de trimetoprima y sulfonamida, las penicilinas como la penicilina G y la ampicilina, el ceftiofur y la enrofloxacina causan efectos secundarios gastrointestinales en los caballos, donde los animales tratados desarrollan diarrea, cólicos o colitis. Varios antibióticos del grupo de las micinas, así como las tetraciclinas, tienen los mismos efectos (Khusro et al 2021). Ambas clases de compuestos son de amplio espectro y actúan contra una serie de infecciones, por lo que es probable que su uso esté muy extendido. Antibióticos como estos, que obviamente afectan a la función del intestino, también provocan cambios en el microbioma intestinal. Esta disbiosis suele ir acompañada de un aumento de la permeabilidad de la pared intestinal, de modo que el uso, por ejemplo, de trimetoprim sulfadiazina aumenta los niveles sanguíneos de LPS (lipopolisacárido), que es un biomarcador de intestino permeable (Collinet et al 2022). Del mismo modo, la fenilbutazona, que puede utilizarse para trastornos inflamatorios en caballos, también provoca un aumento de la permeabilidad intestinal y altera el microbioma, con una pérdida de bacterias de la familia Lachnospiraceae (Whitfield-Cargile et al 2021). Al igual que en los humanos, los cambios pueden ser duraderos.

Estos hallazgos han llevado al desarrollo de tratamientos para restaurar el microbioma. Se ha sugerido el uso de pre/probióticos, terapia de fagos o polímeros de péptidos antimicrobianos (Gibson y Owen 2023) y se ha probado el trasplante de microbiota fecal (FMT). Sin embargo, los protocolos para el FMT en caballos aún no son lo suficientemente fiables como para que este método se utilice terapéuticamente, por lo que sigue siendo una posibilidad teórica (Di Pietro et al 2023; Kinoshita et al 2022). Los suplementos que modulan el microbioma podrían ser útiles para restablecer el equilibrio inicial y tratar la disbiosis equina inducida por antibióticos. De acuerdo con esta teoría, las formulaciones de ERME (Equinectar), que modulan el microbioma intestinal, tuvieron éxito en un pequeño estudio piloto, aunque es necesario trabajar mucho más antes de que haya respuestas claras al problema.