Bij mensen kan het gebruik van antibiotica een drastisch effect hebben op het microbioom, omdat het de niveaus van de 'goede' bacteriën vermindert samen met de bacteriën die pathogeen zijn (Maier et al 2021). Dit verstoort het bacteriële evenwicht en vermindert de productie van vetzuren met een korte keten (azijnzuur, propionzuur en boterzuur), waarvan gedacht wordt dat ze een maatstaf zijn voor de gezondheid van de darmen (Tierney et al 2023). Langdurig gebruik van antibiotica maakt het individu vatbaarder voor darmproblemen zoals constipatie/diarree (dysbiose) (Martel et al 2022; Nel Van Zyl et al 2022) en ook voor chronische aandoeningen zoals IBS (prikkelbare darm syndroom) (Mamieva et al 2022). De veranderingen in het microbioom omvatten een verlies aan bacteriële diversiteit en verschillen in het bacteriële profiel, bijvoorbeeld het gebruik van bèta-lactam-, glycopeptide- en macrolide-antibiotica leidt tot uitputting van nuttige bacteriën in de geslachten Bifidobacterium en Lactobacillus (Duan et al 2022). Het kan lang duren voordat de oorspronkelijke darmflora is hersteld; dit proces kan variëren van twee of drie weken tot enkele maanden, terwijl af en toe een meer permanente verandering optreedt (Huang et al 2022).

Paarden lijken op een vergelijkbare manier te reageren. Antibiotica spelen een belangrijke rol bij de behandeling van veel paardenproblemen en zijn van vitaal belang als therapeutische middelen voor bacteriële infecties en als preventie van postoperatieve en secundaire infecties (Khusro et al 2021). Net als bij mensen heeft het gebruik ervan echter een keerzijde. Van sulfonamiden, trimethoprim/sulfonamide combinaties, penicillines zoals penicilline G en ampicilline, ceftiofur en enrofloxacine is aangetoond dat ze gastro-intestinale bijwerkingen veroorzaken bij paarden, waar behandelde dieren diarree, koliek of colitis ontwikkelen. Verschillende antibiotica uit de 'mycin'-groep en tetracyclines hebben dezelfde effecten (Khusro et al 2021). Deze beide klassen van verbindingen hebben een breed spectrum, werken tegen een reeks infecties en worden dus waarschijnlijk op grote schaal gebruikt. Antibiotica als deze, die uiteraard de functie van de darm beïnvloeden, veroorzaken ook veranderingen in het darmmicrobioom. Deze dysbiose gaat vaak gepaard met een toename van de permeabiliteit van de darmwand, zodat het gebruik van bijvoorbeeld trimethoprim sulfadiazine de bloedspiegels van LPS (lipopolysaccharide) verhoogt, wat een biomarker is voor een lekkende darm (Collinet et al 2022). Ook fenylbutazon, dat kan worden gebruikt voor ontstekingsaandoeningen bij paarden, veroorzaakt een toename van de darmpermeabiliteit en verandert het microbioom, met een verlies van bacteriën in de Lachnospiraceae familie (Whitfield-Cargile et al 2021). Net als bij mensen kunnen de veranderingen langdurig zijn.

Deze bevindingen hebben geleid tot de ontwikkeling van behandelingen om het microbioom te herstellen. Het gebruik van preprobiotica, faagtherapie of antimicrobiële peptidepolymeren is voorgesteld (Gibson en Owen 2023) en fecale microbiotatransplantatie (FMT) is geprobeerd. De protocollen voor FMT bij paarden zijn echter nog niet betrouwbaar genoeg om deze methode therapeutisch te gebruiken, dus het blijft een theoretische mogelijkheid (Di Pietro et al 2023; Kinoshita et al 2022). Supplementen die het microbioom moduleren zouden nuttig kunnen zijn bij het herstellen van het oorspronkelijke evenwicht en het behandelen van door antibiotica veroorzaakte dysbiose bij paarden. In overeenstemming met deze theorie waren formuleringen van ERME (Equinectar), die het darmmicrobioom moduleren, succesvol in een kleine pilotstudie, hoewel er nog veel meer werk moet worden verricht voordat er duidelijke antwoorden op het probleem zijn.